Aceh Program Perdamaian (APP) adalah program kemitraan yang melibatkan mitra CAFOD seperti Aceh Civil Society Task Force (ACSTF), Aceh Judical Monitoring Institute (AJMI), Aceh Institute (AI), Kontras Aceh, dan Lembaga Bantuan Hukum (LBH) Banda Aceh. Di sini, APP dijalankan oleh lima partner CAFOD dan berfokus pada tiga isu utama – Kebenaran dan Rekonsiliasi, Reformasi Sektor Keamanan, dan Reformasi Yudisial.
Sebagai bagian dari program ini, Aceh Institute telah menjalankan program tertentu yang terintegrasi dengan program mitra lain. Beberapa program termasuk Baseline Survey, diskusi publik, publikasi melalui website dan media lokal lainnya, pertemuan triwulanan, dan publikasi bersama mengenai temuan penelitian dari mitra lainnya. Temuan penelitian tersebut terkait dengan masalah Kebenaran dan Rekonsiliasi Komite, keamanan dan reformasi peradilan yang diharapkan menjadi acuan bagi semua pihak.
Sebuah mitra APP program, ACSTF, telah memantau parlemen yang terutama dibahas RUU KKR. Namun, Dewan Perwakilan Rakyat Aceh belum meloloskan RUU itu menjadi UU meskipun fakta bahwa RUU tersebut sudah ditetapkan sebagai prioritas pada tahun 2012.
Sementara itu, KontraS Aceh telah menganjurkan hak-hak korban konflik. Advokasi ini dilakukan mendapatkan pengakuan dari Negara, terutama pada pelanggaran yang dilakukan baik dalam bentuk pembunuhan, penghilangan paksa, penyiksaan, dan lainnya.
Demikian pula LBH Banda Aceh telah memberikan bantuan hukum gratis bagi warga mengalami masalah hukum terhadap Negara atau pelanggaran hak asasi manusia yang dilakukan oleh Negara.
Sementara itu, Aceh Judical Monitoring Institute (AJMI) juga telah memainkan perannya dengan memantau pengadilan. Kegiatan pemantauan terutama difokuskan pada reformasi peradilan. Reformasi meliputi transparansi informasi bagi korban dan pengadilan yang adil.
Kegiatan masing-masing pasangan dievaluasi dalam setiap pertemuan triwulanan difasilitasi oleh Aceh Institute. Pertemuan ini bertujuan untuk memperoleh informasi tentang update terbaru dari kegiatan masing-masing dan untuk mengkonsolidasikan ketika menghadapi masalah sehingga tujuan dan hasil bersama-sama dapat dicapai.